Την αντίθεση του στην ανάθεση της υπόθεσης της σύγκρουσης των τρένων στα Τέμπη σε εφέτη ανακριτή εξέφρασε ο Αλέξης Κούγιας μιλώντας στην εκπομπή «Συνδέσεις» της ΕΡΤ.
Όπως είπε : «εκείνο που με ενοχλεί ιδιαίτερα είναι ότι χωρίς καν να δοκιμαστεί η ποιότητα της ανακριτικής διαδικασίας -ενώ αντιθέτως σε άλλες περιπτώσεις δεν υπάρχουν σωστά αντανακλαστικά ενώ εδώ υπήρχαν άμεσα αντανακλαστικά- ξαφνικά αφαιρούν τη δικογραφία από την κα. ανακριτή και αύριο θα συνεδριάσει η ολομέλεια Εφετών Λαρίσης – δέκα είναι- και θα επιλεγεί ένας ανακριτής ο οποίος θα κάνει κάθε μέρα εκατοντάδες πολιτικά δικαστήρια, θα κάνει κάθε μέρα εκατοντάδες ποινικά δικαστήρια – είναι ήρωες οι δικαστές εκεί και οι Πρόεδροι Εφετών – και θα κάνει και ανακριτική διαδικασία; Εδώ θα έπρεπε εκτός της κας Σούρλα να οριστεί και δεύτερη ή δεύτερος Ανακριτής».
